'orto di San Patrignano opera come vivaio per le piante da mettere a dimora sul terreno della comunità e sviluppa un'attività agricola e di coltivazione che va dalle piante ornamentali (in vendita anche all'esterno) alla produzione di ortaggi.

Ha un'estensione di tre ettari e mezzo, con i suoi campi, i suoi tunnel e le sue sette serre lunghe 30 metri e larghe sei dove si possono trovare, a seconda della stagione, decine di varietà di piante, comprese quelle equatoriali, originarie della foresta pluviale, tenute ad una temperatura media di 18-20 gradi, e quelle grasse, conservate nella serra fredda. Quest'anno sono stati prodotti 7000 gerani, ventiduemila primule, diecimila viole, ventimila begonie, duemila stelle di Natale e tanti altri tipi di fiore. L'obiettivo, che si concretizzerà a breve, è quello di ampliare l'estensione del terreno adibito alla ortifloricoltura e al vivaismo per arrivare a otto ettari di fiori, piante ornamentali e campi coltivati ad ortaggi.

Attraverso i corsi di formazione professionale tenuti da esperti in campo agrario, della durata di 600 ore e sovvenzionati dalla Comunità Europea, i ragazzi di San Patrignano impegnati nelle attività di ortifloricoltura, vengono indirizzati e preparati all'utilizzo di tecniche di lotta integrata orientata al futuro al biologico. Senza usare prodotti chimici per la fertilizzazione del terreno.

Nei limiti del possibile, la lotta ai parassiti, o ad eventuali patologie che possono colpire le piante, viene condotta con l'immissione di insetti antagonisti. Un esempio di coltura orientata al biologico è quello dell'insalata, coltivata in tunnel protetti al riparo dalle piogge e dal loro carico inquinante e irrigata con impianti a "manichetta gocciolante" che, senza bagnare le foglie delle piantine, le preservano dai rischi di crittogame.
In questo modo si ottengono prodotti di ottima qualità per il consumo interno, privi di qualsiasi residuo tossico. Interessanti ed avanzate tecniche di orticoltura sono state studiate e messe a punto nel corso degli anni. Quella di "pacciamatura a film fotodegradabile" è un esempio di tale avanzamento. Un foglio nero, che si decompone lentamente alla luce del sole, viene steso sulla superficie coltivata, permette di mantenere l'umidità nel terreno, aumentando il risparmio idrico, ed impedisce la crescita di erbe infestanti.

Anche i metodi di ferti-irrigazione sono all'avanguardia. Viene utilizzato un circuito idraulico fatto di tubature che affianca i filari di piante. Un forellino in corrispondenza del singolo vegetale permette la somministrazione mirata e controllata di acqua e concime.